征收补偿条例中“可以依法提起诉讼”的模糊概念，无论是在理论界还是在实务界，都引起了广泛争论。
实际上，在目前的审判实践中，行政和民事两种诉讼形式都有。被征收人对补偿协议不服的以行政诉讼为主，也就是“民告官”；被征收人不履行协议约定义务时，房屋征收部门多以民事诉讼提起诉讼。
一般情况，应该优先行政诉讼，但不排除民事诉讼。为什么呢？因为民事诉讼在补偿等问题上更充分一点，而行政诉讼的好处是举证有利于某一方。同时补偿协议，其实是以合同形式体现的行政决定。所以从协议有争议一开始就纳入行政诉讼，有利于彻底解决纠纷。
